眼科始建于上世纪50年代，经过几代眼科人的共同努力，经历了从无到有，从弱到强的历程。目前已成为医院集临床教学、科研为一体的重点科室。眼科医生12人，其中副主任医师3人，主治医师3人，医师6人，硕士研究生3人。验光师3人，其中一人为二级验光师。所有医生交替到上级医院长短期进修学习，不断与国内领先技术接轨，并成为吉大一院、吉大二院眼科医联体，在上级医院支持下完成高精尖手术。

      眼科现已拥有德国蔡司手术显微镜、傲帝白内障超声乳化仪、日本佳能眼底荧光造影系统、生物测量仪、科医人532激光治疗仪、YAG激光治疗系统、数码裂隙灯采集系统、眼科A、B超检查、全自动视野仪、拓普康角膜内皮镜、眼电生理、角膜地形图、尼徳克电脑验光机综合验光仪、非接触眼压计、角膜曲率仪、冷冻仪、手持裂隙灯、手持眼底照相机等大量先进仪器设备。

      全年门诊量20000余人次，门诊开展了内翻倒睫矫正、眼睑肿物切除、双重睑、开眼角、眼袋矫正、硅管植入治疗泪道阻塞、全视网膜激光光凝、验光配镜等手术，年门诊手术量超过1000余例，验光约2500人次，验配角膜塑形镜及RGP百人次。眼科疗区开放床位30张，每年住院患者约800余人，完成手术600余例，所有手术均由本院医生完成，技术达到本地区领先。开展的手术包括白内障超声乳化术、复杂性白内障手术、青光眼联合白内障手术、小切口白内障囊外摘除术、复合性青光眼小梁切除术，YAG激光虹膜打孔术、睫状体冷冻术、眼内容物除去义眼台植入术、鼻腔泪囊吻合术、斜视矫正术、泪腺脱垂复位术、眶脂肪脱垂除去术、眶内肿物切除术、眶壁骨折修复术、翼状胬肉切除术联合球结膜移植术、复杂性眼外伤缝合修复术、泪道断裂吻合术、球内异物取出术、玻璃体腔注药术等。